Für die Emulation des Nintendo 64, gibt es im OUYA Store die App „Mupen64“. Mit dieser ist es möglich alte Nintendo 64 Spiele zu emulieren. Problematisch wird es nur wenn man mit mehr als einem Spieler spielen möchte.
Startet man den Emulator mit zwei angemeldeten OUYA Controllern, so wird trotzdem nur einer im Spiel genutzt werden können. Die Lösung des Problems ist dabei in den Einstellungen zu finden. In diesen muss man jeden zusätzlichen Controller für das emulierte Nintendo 64 freischalten. Allerdings reagiert die entsprechende Option nicht auf irgendwelche Buttondrücke. Stattdessen muss man das eingebaute Touchpad des Controllers benutzt werden um den Schalter per Klick umzustellen. Danach kann man in der Emulation mehrere Controller nutzen.