Die Daten in einer SQLite Datenbank sind im Normalfall unverschlüsselt. Natürlich kann man die Daten von Hand verschlüsseln, was aber auf Dauer wahrscheinlich etwas anstrengend wird. Anhilfe schafft hier die Bibliothek SQLCipher mit welcher SQLite Datenbanken verschlüsselt werden können. Die Bibliothek ist dabei Open Source und steht unter der BSD Lizenz. Zu finden ist die Bibliothek unter http://sqlcipher.net/.
Weitere Informationen gibt es unter:
http://de.wikipedia.org/wiki/Sqlite