Wenn man unter Linux direkt in PDFs scannen möchte, bietet es sich an gscan2pdf zu nutzen. Unter Mac OS X gibt es ein ähnliches Tool mit dem Namen PDFScanner.
PDFScanner mit geöffneten Scanoptionen
Neben dem Scannen in PDFs kann PDFScanner die Bilder entzerren und auch OCR auf die PDFs anwenden, so das diese durchsuchbar werden. Im Gegensatz zu gscan2pdf handelt es sich bei PDFScanner um eine kommerzielle Software. Die offizielle Seite ist unter http://www.pdfscannerapp.com/ zu finden.
Wie kann ich mehrseitige Berichte einspannen?