Unter Umständen hat Eclipse nach der Installation eine systemspezifische Kodierung eingestellt. Für Windows ist dies z.B. Cp1252. Um Eclipse nun standardmäßig auf UTF-8 umzustellen geht man über Window -> Preferences in den Einstellungsdialog und dort in der linken Box auf General -> Workspace. Dort kann dann unter Text file encoding die Kodierung auf UTF-8 gestellt werden.