Bei einem C# Projekt von mir, welches ich in Visual Studio und MonoDevelop bearbeite, gab es einige Probleme mit dem debuggen. Unter MonoDevelop reichte es die Hauptklasse anzugeben, so das er in diese springen konnte.
Bei Visual Studio fruchtete dies leider nicht. Dort stellt sich die Frage ob es eventuell eine Inkompatibilität zwischen den Projektdateien gibt. Hier ist wohl weitere Forschung nötig.
Weitere Informationen gibt es unter:
http://de.wikipedia.org/wiki/MonoDevelop
http://de.wikipedia.org/wiki/Visual_Studio