Im Freerunner befindet sich im Normalfall der u-boot Bootloader. Dies ist allerdings nicht der einzige Bootloader welcher für Openmoko existiert. Ein alternativer Bootloader ist Qi. Im Gegensatz zu u-boot wird er aktiv weiterentwickelt, ist einfacher zu konfigurieren und unterstützt Partionen auf SD und SDHC Karten beliebiger Größe. Auch die Größe des Kernel Images (bei u-boot max. 2 MB) ist nicht begrenzt. Allerdings unterstützt Qi zur Zeit kein DFÜ über USB.
Weitere Informationen gibt es unter:
http://wiki.openmoko.org/wiki/Qi