Bei der Nutzung von MacPorts werden nicht nur die Ports auf dem System installiert, sondern auch eine Reihe von temporären Dateien. Möchte man seine MacPorts-Installation aufräumen, so kann man dies mittels zwei Befehlen bewerkstelligen:
sudo port clean --all all sudo port -f uninstall inactive
Der erste Befehl löscht besagte temporären Dateien, der zweite deinstalliert nicht mehr benötigte Ports. Je nach MacPorts-Nutzung kann der Vorgang längere Zeit in Anspruch nehmen.