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Auf der Suche nach einer Möglichkeit die iptables Regeln zurückzusetzen, bin ich über die Seite http://insanelabs.com/linux/linux-reset-iptables-firewall-rules/ gestolpert. Dort gibt es ein kleines Skript welches genau für diesen Einsatzzweck geschaffen wurde:

#!/bin/sh
echo "Flushing iptables rules..."
sleep 1
iptables -F
iptables -X
iptables -t nat -F
iptables -t nat -X
iptables -t mangle -F
iptables -t mangle -X
iptables -P INPUT ACCEPT
iptables -P FORWARD ACCEPT
iptables -P OUTPUT ACCEPT

Einmal ausgeführt entsprechen die iptables Regeln wieder den Standardeinstellungen.

Weitere Informationen gibt es unter:
http://de.wikipedia.org/wiki/Iptables